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菌落总数通常用来判断食品被微生物细菌污染的程度，菌落总数的多少一般标志着食品卫生质量的好坏。食品菌落总数超标，说明食品致病菌污染几率增加，而这种食品很大几率会危害食用者的身体健康。食品不同的种类有着不同的食品安全认证，菌落总数的限量也根据食物的原材料、生产加工工艺等的不同而有一定的差异。
从卫生角度来说，超过了菌落总数标准，就会被列入卫生不合格产品。如果菌落总数超标严重，可能会造成腹泻。
上海市市场监督管理局抽检发现，标称河南豫道农业科技发展有限公司生产的重庆小面（非油炸方便面）（面饼+配料135克 面饼65克/盒，豫道食品，2022-02-11）菌落总数不合格，检验结果为6.3×10?CFU/g,4.3×10?CFU/g,5.2×10?CFU/g,5.9×10?CFU/g,6.1×10?CFU/g，标准值为n=5,c=2,m=10?,M=10?CFU/g。
ATP荧光检测仪能够快速检测食品中菌落总数，国内菌落总数检测仪器有很多方法学仪器；普遍使用的仪器就是ATP荧光检测仪。
ATP荧光检测仪用途广泛，可用于食品、医药卫生、医药、日化、造纸、工业水处理、国防以及环保、水政、海关出入境检疫及其他执法部门等多种行业 。
ATP荧光检测仪基于萤火虫发光原理，利用“荧光素酶—荧光素体系”快速检测三磷酸腺苷（ATP）。由于所有生物活细胞中含有恒量的ATP，所以ATP含量可以清晰地表明样品中微生物与其他生物残余的多少，用于判断卫生状况。
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